வள்ளி-தெய்வானையுடன் முருகப்பெருமான் வீற்றிருக்கும் இந்த குன்றின் பெயர், 'பூரணகிரி' என்பதாகும். மாயம் நிறைந்த கிரவுஞ்சா சூரன் என்பவனின் தலைப்பாகமாக இந்த குன்று கருதப்படுகிறது.
இத்தல முருகப்பெருமானை, ஆகம விதிப்படி தேவேந்திரன் பிரதிஷ்டை செய்ததாக தல வரலாறு சொல்கிறது. அகத்தியருக்கு பிரம்ம ஞானத்தை உபதேசம் செய்த காரணத்தால், இத்தல முருகனுக்கு 'ஞானஸ்கந்தன்' என்ற பெயரும் உண்டு. முருகப்பெருமான் வள்ளியை திருத்தணிகையில் மணம் முடித்து, தென்கோடியில் உள்ள பூரணகிரி என்ற இந்த மலைக்குன்றில் வள்ளியோடு வந்து அமர்ந்ததால் இந்த ஊர், 'வள்ளியூர்' என்று பெயர் பெற்றது.
கருவறையில் வள்ளி-தெய்வானையோடு முருகப்பெருமான் அருள்காட்சி தருகிறார். அதே வேளையில் வள்ளிதேவிக்கு மட்டும் தனியாகவும் இங்கு சன்னிதி அமைந்திருக்கிறது. இந்த முருகன் ஆலயத்தில் சிவபெருமானுக்கும் சன்னிதி இருக்கிறது. அகத்தியருக்கு நான்கு வேதங்களையும் உபதேசித்ததால், முருகன் கிழக்கு முகமாக அருள்கிறார். சிவபெருமான் மேற்கு முகமாக காட்சியளிக்கிறார். இத்தல முருகப்பெருமானை, நாரதர், தேவேந்திரன், அகத்தியர், அருணகிரிநாதர், காஞ்சிபுரம் சிதம்பர முனிவர், வண்ணச்சரபம் தண்டபாணி சுவாமிகள், ஞானியாரடிகள், வேலாண்டி பரதேசி, வேலாண்டி தம்பிரான் ஆகியோர் வழிபட்டு பேறுபெற்றுள்ளனர்.
கருவறைக்கு முன்பாக கொடிமரம், பலிபீடம் உள்ளது. அடுத்ததாக மயில் மண்டபம், பின்னர் பெரிய நடுமண்டபம் அமைந்துள்ளது. பெரிய நடுமண்டபத்தில் வலதுபுறம் சந்திரனும், இடதுபுறம் சூரியனும், முருகப்பெருமானின் கருவறையைப் பார்த்த வண்ணம் நிற்கின்றனர். இவர்களுக்கு எதிர்புறம் கருவறையை மறைக்காத வகையில் ஒரு பெரிய விநாயகர் உள்ளார். தம்பியின் திருமணத்திற்கு துணை புரிந்த இந்த விநாயகர் பெயர், 'ஆஜார்ய விநாயகர்.' காரியத் தடை நீங்க இவரை தரிசிக்கலாம். இந்த விநாயகரை வணங்கியபிறகே, சந்திர-சூரியர்களை வணங்க வேண்டும்.
கருவறையில் வள்ளி -தெய்வானை உடனாய சுப்பிரமணியர் வீற்றிருக்கிறார். நான்கு கரங்களைக் கொண்ட இத்தல முருகப்பெருமான், வலது மேற்கரத்தில் வள்ளிக்குப் பிடித்த தாமரையையும், இடது மேற்கரத்தில் தெய்வானைக்குப் பிடித்த நீலோற்பவத்தையும் ஏந்தியிருக்கிறார். வலது கீழ் கரத்தில் அபய முத்திரையை காட்டி, இடது கீழ்கரத்தை இடுப்பில் வைத்து வள்ளி, தெய்வானையுடன் கல்யாண கோலத்தில் நின்றபடி அருள்கிறார். தம்பதி சமேத சுப்ரமணியர் முன்புறம் வைரம் பதித்த வஜ்ரவேல் மின்னுகிறது. மனைவியரோடு வீற்றிருக்கும் இந்த முருகனை வணங்கினால் திருமணத் தடை நீங்கும் என்பது நம்பிக்கை.
கருவறைக்கு இடது புறமாக செல்லும் குகையின் உட்புறம் சென்றால் விநாயகர் மற்றும் ஐயப்பனை தரிசிக்கலாம். தவிர காசி விஸ்வநாதர், விசாலாட்சி, சனி பகவான், தட்சிணாமூர்த்தி, அகத்தியர், போகர், அருணகிரிநாதர், குமரகுருபரர் ஆகியோருக்கும் தனிச்சன்னிதி உள்ளது. மூலவர் சன்னிதிக்கு இடதுபுறம் ஜயந்தீஸ்வரர், சவுந்திரநாயகி சன்னிதிகள் உள்ளன.
இந்த ஆலயத்தில் தனிச்சன்னிதியில் வள்ளிதேவி அருள்கிறார். இந்த தேவியிடம் மனதிற்கு பிடித்தவரை பற்றி வேண்டிக்கொள்ளும் கன்னி பெண்களுக்கு, அவரையே மணம் முடிக்கும் பாக்கியம் கிடைப்பதாக நம்பிக்கை உள்ளது. வள்ளி அம்மன் சன்னிதியில் குங்குமம் மற்றும் வள்ளிக்கு அணிவித்த மலர்களை பிரசாதமாக தருகிறார்கள்.
வெளிப்பிரகாரத்தில் நாகராஜர் சன்னிதி ஒன்று உள்ளது. இங்கு ஆல், அரச, வேப்ப மரத்தின் வேர்ப்பகுதியில் நாகங்களுடன் சுயம்புவாக எழுந்தருளியுள்ளார் ஒரு விநாயகர். இவருக்கு எதிரில் உள்ள சிறுமண்டபத்தில் நாகசிலைகளும் இருக்கின்றன. பக்தர்கள் இங்கு நல்லெண்ணெய் தீபம் ஏற்றி ராகு-கேது தோஷங்களுக்காக வேண்டிக் கொள்கிறார்கள். இங்குள்ள சரவணப் பொய்கை, வள்ளியின் வேண்டுகோளுக்கிணங்க, முருகப்பெருமானால் உருவாக்கப்பட்டதாம்.
இந்த ஆலயத்திற்கு பெருமாளின் தீவிர பக்தரான ஒருவர், தன்னுடைய நண்பரின் வற்புறுத்தல் காரணமாக வந்துள்ளார். கோவிலுக்குள் வராமல் வெளியே நின்ற பெருமாள் பக்தரை, அவருடைய நண்பர் கட்டாயப்படுத்தி உள்ளே அழைத்துச் சென்றுள்ளார். பெருமாள் பக்தரும் ஒரு பற்றுதல் இல்லாமல் ஆலயத்திற்குள் சென்று, முருகப்பெருமானின் கருவறைக்கு முன்பாக நின்றுள்ளார். அப்போது மூலஸ்தானத்தில் இருந்து ஒரு அர்ச்சகர் நெற்றியில், திருநாமம் அணிந்து அவரை நோக்கி வந்துள்ளார். சைவ ஆலயத்திற்குள் திருநாமம் அணிந்த அாச்சகரா? என்று அவர் அதிசயித்து நின்ற வேளையில், அந்த அர்ச்சகர், பெருமாள் பக்தரது கையில் திருநாமமும், தீர்த்தமும் வழங்கியுள்ளார். நிகழ்காலத்தில் நடப்பதைப் போலவே அந்த சம்பவத்தை உணர்ந்த பெருமாள் பக்தர், தன்னுடைய நண்பருடன் ஆலயத்தை விட்டு வெளியே வந்தார். அப்போது நண்பா, பெருமாள் பக்தரின் கையில் திருநாமம் பால்போல் வழிந்திருப்பதை சுட்டிக்காட்டினார். மேலும் விபூதி வழங்கும் ஆலயத்தில், உன் கையில் மட்டும் திருநாமம் வந்தது எப்படி என்றும் கேட்டுள்ளார். அப்போதுதான், முருகப்பெருமானே அர்ச்சகராக வந்து தனக்கு திருநாமம் வழங்கியதையும், அனைத்து தெய்வங்களும் ஒன்றே என்பதை உணர்த்துவதற்காகவே இந்த திருவிளையாடலை நடத்தியதாகவும் உணர்ந்த அவர் மெய்சிலிர்த்துப் போனார்.
இந்த ஆலயத்தில் சித்திரை மாத தேரோட்டம், வைகாசி மாத விசாகத் திருநாள், ஐப்பசி மாத சஷ்டி திருநாள், கார்த்திகை மாத கடைசி வெள்ளிக்கிழமை தெப்பத் திருவிழா போன்றவை விமரிசையாக நடைபெறும்.
இந்தக் கோவில் திருநெல்வேலி- நாகர்கோவில் நெடுஞ்சாலையில் திருநெல்வேலியில் இருந்து சுமார் 42 கிலோமீட்டர் தூரத்தில் வள்ளியூரில் அமைந்திருக்கிறது.