வெளியுறவுத்துறை செயலாளராக பணியாற்றிய போது சிறப்பாக செயல்பட்டவர் ஜெய்சங்கர். பிரதமர் மோடியிடம் நன்மதிப்பை பெற்றவர்களில் ஜெய்சங்கரும் ஒருவராவார். அவருக்கு முன்னதாக சுஜாதா சிங், ஆகஸ்ட் 2013-ல் வெளியுறவுத்துறை செயலாளராக பதவி ஏற்ற போது பிரதமராக இருந்த மன்மோகன் சிங், அப்பதவியில் ஜெய்சங்கரை நியமிக்க விரும்பியதாகக் கூறப்பட்டது. மோடி அரசு 2015-ல், சுஜாதா சிங்கிற்கு 7 மாதங்கள் பதவிக்காலம் இருந்த நிலையில் கட்டாய ஓய்வில் அனுப்பப்பட்டார். இதனையடுத்து ஜெய்சங்கர் வெளியுறவுத்துறை செயலாளர் ஆனார்.

சீனாவுடனான பிரச்சினையை தீர்ப்பதில் மிகவும் முக்கியப் பங்காற்றியவர். மோடி பிரதமராகி அமெரிக்கா சென்ற போது இந்திய தூதரக அதிகாரியாக இருந்த ஜெய்சங்கர் அவருக்கு பெரிதும் உதவியாக இருந்தார். இந்திய தூதரக அதிகாரி தேவயானி கோப்ரகடே விவகாரத்தில் திறமையாக செயல்பட்டு அமெரிக்கா உடனான பிரச்சினையை சமாளித்ததுடன் மோடியையும் ஜெய்சங்கர் கவர்ந்தார். இதனையடுத்தே வெளியுறவுத்துறை செயலாளர் ஆனார். இப்போது அவருடைய பதவிக்காலம் முடிந்த பின்னர் அமைச்சரவைக்கு பிரதமர் மோடி கொண்டு வந்துள்ளார். ஜெய்சங்கர் மத்திய வெளியுறவுத்துறை அமைச்சராக உள்ளார்.